Existen dos alternativas para que esto ocurra :
1.- Actualmente se encuentra publicando su sitio en: /users/nombre_de_usuario/web y eso está mal. Debe hacerlo en /web, para ello cuando se conecte por FTP debe salir fuera de las carpetas "nombre_de_usuario" y "users", cuando haga esto verá 4 carpetas amarillas al mismo nivel : certs, logs, users y web. Debe abrir la carpeta web, borrar el archivo index que allí se encuentra y reemplazarlo por el suyo.
2.- La memoria caché de su estación está respondiendo y usted no ve lo que está en internet. Para eliminar la memoria caché de su computador haga lo siguiente:
Para Internet Exporer vaya a herramientas - opciones de internet. En el cuadro de General - Archivos Temporales de Internet - Configuración. Allí marque la opción Comprobar si hay nuevas versiones de las páginas guardadas cada vez que se visita la página, luego presione aceptar.
Si esto no funciona pruebe por otras conexiones de acceso a internet (otro proveedor) los servidores de acceso a internet también hacen uso de memorias caché. Los servidores de páginas web funcionan de tal manera que cuando usted guarda un cambio este se refleja de inmediato en internet.